| Спецификација предмета за књигу предмета | ||||||||||
| Студијски програм | Молекуларна биологија и физиологија, Биологија | |||||||||
| Изборно подручје (модул) | Биофизика | |||||||||
| Врста и ниво студија | Мастер академске студије II ниво | |||||||||
| Назив предмета | Биоинформатика | |||||||||
| Наставник (за предавања) | Марко Ј. Ђорђевић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за вежбе) | Марко Ј. Ђорђевић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за ДОН) | ||||||||||
| Број ЕСПБ | 6 | Статус предмета (обавезни/изборни) | изборни | |||||||
| Услов | нема | |||||||||
| Циљ предмета |
Да студенти буду оспособљени за основно програмирање у MATLAB-у неопходно за биоинформатичке примене, да стекну разумевање стандардних биоинформатичких алгоритама, и да их у једноставнојој форми имплементирају на рачунару. | |||||||||
| Исход предмета |
Студент је оспособљен за писање једноставнијих скриптова у MATLAB-у, укључујући и графичку и статистичку анализу података, као и имплементацију основних биоинформатичких алгоритама. | |||||||||
| Садржај предмета | ||||||||||
| Теоријска настава |
Основе програмирања у MATLAB-у: командана линија, скриптови, функције, структуре података. Рад са матрицама, векторима, низовима и структурама података. Рад са стринговима и текстом. Коришћење MATLAB toolbox-ова за: Биоинформатику, Симулације биохемијскух реакција (SimBiology), Фитовање кривих, Статистику, Оптимизацију. Разумевање и основан имплементација стандардних алгоритама за: Пораванње секвенци, предвиђање гена и мотива, предвиђање секундарне и тертијалне структуре. | |||||||||
| Практична настава (вежбе, ДОН, студијски истражива-чки рад) | Вежбе у коришћењу MATLAB командне линије, скриптова, структура података. Вежбе коришћења толбоксова:Bioinformatics, SimBiology, Statistics, Curve Fitting, Optimization. Имплементација стандардних биоинформатичких алгоритама у једноставнијој форми у MATLAB-у. | |||||||||
| Литература | ||||||||||
| 1 | Zvelebil, M. & Baum, J. O. (2007). Understanding Bioinformatics, 1st edition. Gerland Science. ISBN: 9780815340249. | |||||||||
| 2 | Pratap, R. (2010). Getting started with MATLAB. Oxford University Press. ISBN: 9780199731244 | |||||||||
| Број часова активне наставе недељно током семестра/триместра/године | ||||||||||
| Предавања | Вежбе | ДОН | Студијски истраживачки рад | Остали часови | ||||||
| 2 | 1 | |||||||||
| Методе извођења наставе |
Предавања и вежбе на рачунарима | |||||||||
| Оцена знања (максимални број поена 100) | ||||||||||
| Предиспитне обавезе | поена | Завршни испит | поена | |||||||
| активност у току предавања |
10 | писмени испит | ||||||||
| практична настава | усмени испит | 40 | ||||||||
| колоквијуми | 50 | |||||||||
| семинари | ||||||||||