| Спецификација предмета за књигу предмета | ||||||||||
| Студијски програм | Молекуларна биологија и физиологија | |||||||||
| Изборно подручје (модул) | Неуробиологија | |||||||||
| Врста и ниво студија | Мастер академске студије, II ниво | |||||||||
| Назив предмета | Квантитативне методе у неуробиологији | |||||||||
| Наставник (за предавања) | Надежда Ж. Недељковић, Данијела О. Лакета | |||||||||
| Наставник/сарадник (за вежбе) | Надежда Ж. Недељковић, Данијела О. Лакета | |||||||||
| Наставник/сарадник (за ДОН) | ||||||||||
| Број ЕСПБ | 6 | Статус предмета (обавезни/изборни) | изборни | |||||||
| Услов | Неуробиологија | |||||||||
| Циљ предмета |
Упознавање студената са основама квантитативних метода у ћелијској и молекуларној неуробиологији и принципима прикупљања, обраде и анализе података у специјализованим програмским пакетима за обраду података (Origin, SigmaPlot, GraphPad Prism, Image J, ImageQuant и други). | |||||||||
| Исход предмета |
Студент је способан да тестира научно утемељену хипотезу експерименталним поступком, да изабере одговарајући метод квантитативног или квалитативног мерења, и да изврши обраду резултата мерења на научно ваљани начин. Студент је оспособљен да рутински примењује неколико програмских пакета за обраду, анализу и представљање резултата (Origin, SigmaPlot, ImagеQuant, GraphPadPrism 5, MATLAB). | |||||||||
| Садржај предмета | ||||||||||
| Теоријска настава |
Квалитативне, семи-квантитативне и квантитативне методе у ћелијској и молекуларној биологији. Експериментална грешка; системска и случајна грешка мерења ; бланк; референтни узорак; екстерни референтни узорак. Контрола мерења у квалитативним и квантитативним методама; позитивна и негативна контрола. Понављање експеримента и репликати; технички и биолошки репликати. Прецизност и тачност методе, детекциони лимит, аналитички опсег; калибрација и конструкција стандардне криве. Индиректне квантитативне методе. Квантификација резултата спектрофотометријских мерења на примерима одређивања концентрације ДНК, РНК и протеина у узорку; квантификација колориметријских мерења на примеру одабраног ензимског есеја; основе кинетичких анализа и ензимологије. Анализа гела и имуноблот анализа у софтверским пакетима ImageJ и ImageQuant; квантификација резултата имуноблот анализе (одређивање линеарног динамичког опсега; избор контроле наношења узорка, корекција позадине); сликање носеће мембране и дензитометријска анализа; квантификација резултата, нормализација и графичко представљање. Квантификација резултата у методи ланчане реакције полимеразе у реалном времену (РТ-ПЦР). Апсолутна квантификација ПЦР сигнала; одређивање линеарног динамичког опсега; стабилност и репродуцибилност ПЦР сигнала; конструкција калибрационе криве са дефинисаним вредностима ДНК; Релативна квантификација; избор референтног гена; конструкција интерне стандардне криве серијом двоструких разблажења; провера квалитета и специфичности ПЦР реакције; избор математиког модела квантификације са и без корекције ефикасности; ΔCt метода; нормализација; упоредни Ct метод (ΔΔCt); валидација резултата. Морфометријска анализа флуоресцентних микрографија. | |||||||||
| Практична настава (вежбе, ДОН, студијски истражива-чки рад) | Вежбања на примерима грешака експериментатора, грешака методе и грешака инструмента у обради резултата спектрофотометријског мерења активности у ензимском есеју. Вежбања контроле мерења на примерима контрола у ЕЛИЗА тесту и имунофлуоресцентној микроскопији. Коришћење репликата (поновака) у експериментима - вежбање на примерима ензимског есеја, имуноблот дензитометријске анализе и теста зарастања на једнослоју астроцита. Вежбања конструкције стандардне криве и одређивања аналитичког опсега на спектрофотометријским и дензитометријским методама детекције концентрације аналита. Одређивање концентрације ДНК и РНК из резултата спектрофотометријских мерења. Вежбање квантификације резултата колориметријских мерења добијених у ензимском есеју, основа кинетичке анализе и ензимологије у програму GraphPadPrism 5. Вежбање квантификације резултата имуноблот анализе и њиховог представљања у прогармима ImageJ и ImageQuant. Вежбање апсолутне и релативне квантификације и валидације резултата добијених методом РТ-ПЦР. Вежбање морфометријске анализе на примерима флуоресцентних микрографија -одређивање величине ћелијског тела, дужине наставака, брзине кретања ћелија и др, применом софтверског пакета ImageJ. | |||||||||
| Литература | ||||||||||
| 1 | Gerry P. Quinn, Michael J. Keough.Experimental design and data analysis for biologist. Cambridge University Press, 10th Edition, 2010. | |||||||||
| Број часова активне наставе недељно током семестра/триместра/године | ||||||||||
| Предавања | Вежбе | ДОН | Студијски истраживачки рад | Остали часови | ||||||
| 1 | 3 | |||||||||
| Методе извођења наставе |
Уводна предавања и практична настава у софтверским пакетима . | |||||||||
| Оцена знања (максимални број поена 100) | ||||||||||
| Предиспитне обавезе | поена | Завршни испит | поена | |||||||
| активност у току предавања |
10 | писмени испит | 30 | |||||||
| практична настава | 60 | усмени испит | ||||||||
| колоквијуми | ||||||||||
| семинари | ||||||||||