| Спецификација предмета за књигу предмета | ||||||||||
| Студијски програм | Молекуларна биологија и физиологија | |||||||||
| Изборно подручје (модул) | Хумана молекуларна биологија | |||||||||
| Врста и ниво студија | Мастер академске студије | |||||||||
| Назив предмета | Увод у геномику | |||||||||
| Наставник (за предавања) | Милена Стевановић и Невена Вељковић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за вежбе) | Невена Вељковић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за ДОН) | ||||||||||
| Број ЕСПБ | 6 | Статус предмета (обавезни/изборни) | изборни | |||||||
| Услов | ||||||||||
| Циљ предмета |
Циљ курса је да студентима пружи основна знања о анализи и интерпретацију података из експеримената секвенцирања нове генерације, као и о базама података и рачунским приступима који се користе приликом анализе таквих података. | |||||||||
| Исход предмета |
Студенти су оспособљени да: (1) опишу и објасне специфичности појединачних технологија секвенцирања нове генерације; (2) препознају и дефинишу типове и формате података који су резултат секвенцирања и примарне обраде података; (3) приступе резултатима секвенцирања у јавним базама података; (4) анализирају квалитет сирових података из високо-пропусних технологија секвенцирања; (5) мапирају очитавања на референтни геном; (6) позивају геномске варијанте. |
|||||||||
| Садржај предмета | ||||||||||
| Теоријска настава |
(1) Технологије секвенцирања нове генерације. (2) Секвенцирање егзома, секвенцирање одабраних делова генома, секвенцирање генома појединачне ћелије, хроматинаска инмунипреципитација праћена секвенцирањем (енг. Chip-Seq) и секвенцирање РНК (енг. RNA-seq). (3) Пројекти секвенцирања генома људи. (4) Типови и формати података из експеримената секвенцирања. (5) Базе података. (6) Референтни геноми. | |||||||||
| Практична настава (вежбе, ДОН, студијски истражива-чки рад) | Упознавање са основним функцијама и алатима платформе за анализу и интеграцију биолошких података, посебно геномских. Практичне вежбе: Контрола квалитета података из високо-пропусних техника секвенцирања. Анализа RNA-seq података: мапирање и асемблирање. Коришћење програма за визуализацију геномичких података IGV. Позивање геномских варијанти (студентски рад). | |||||||||
| Литература | ||||||||||
| 1 | István Albert: Biostar Handbook. Professional Edition | |||||||||
| 2 | Rafael A. Irizarry and Michael I. Love: Data Analysis for the Life Sciences | |||||||||
| 3 | ||||||||||
| 4 | ||||||||||
| 5 | ||||||||||
| Број часова активне наставе недељно током семестра/триместра/године | ||||||||||
| Предавања | Вежбе | ДОН | Студијски истраживачки рад | Остали часови | ||||||
| 1 | 2 | 1 | ||||||||
| Методе извођења наставе |
Теоријска настава, дискусије, вежбе на рачунару, радионице, консултације. | |||||||||
| Оцена знања (максимални број поена 100) | ||||||||||
| Предиспитне обавезе | поена | Завршни испит | поена | |||||||
| активност у току предавања |
писмени испит | 50 | ||||||||
| практична настава | 50 | усмени испит | ||||||||
| колоквијуми | ||||||||||
| семинари | ||||||||||