| Спецификација предмета за књигу предмета | ||||||||||
| Студијски програм | Молекуларна биологија физиологија | |||||||||
| Изборно подручје (модул) | Геномика | |||||||||
| Врста и ниво студија | Мастер академске студије | |||||||||
| Назив предмета | Увод у геномику | |||||||||
| Наставник (за предавања) | Милена Стевановић, Душанка Савић-Павићевић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за вежбе) | Милош Бркушанин | |||||||||
| Наставник/сарадник (за ДОН) | ||||||||||
| Број ЕСПБ | 6 | Статус предмета (обавезни/изборни) | Обавезни | |||||||
| Услов | Нема посебних услова | |||||||||
| Циљ предмета |
Циљ курса је да студентима приближи геномски приступ у истраживањима и припреми их за анализу геномских података кроз упознавање са технологијама секвенцирања нове генерације и геномским базама података. | |||||||||
| Исход предмета |
Након успешно завршеног курса, студенти би
требало да стекну знања и вештине да: Опишу достигнућа геномских истраживања. Објасне различите геномске технологије и покажу како могу да их користе у изучавању генома и функције гена. Пронађу податке од интереса коришћењем геномских база података Користе геномске претраживаче |
|||||||||
| Садржај предмета | ||||||||||
| Теоријска настава |
Геноми прокариота и еукариота. Достигнућа и перспективе геномике. Технологије очитавања кратких секвенци - секвенцирање помоћу синтезе (Illumina и Ion Torrent технологије) и секвенцирање помоћу хибридизације (BGI технологија). Tехнологије очитавања дугих секвенци - секвенцирање помоћу синтезе (PacBio технологија), секвенцирање помоћу нанопора (ONT технологија). Приступи у секвенцирању генома: секвенцирање комплетних генома, секвенцирање егзома, секвенцирање одабраних делова генома, секвенцирање генома појединачне ћелије, баркодирање. Функционална геномика: секвенцирање РНК (RNA-seq), хроматинска имунопреципитација праћена секвенцирањем (Chip-seq, CLIP-seq, ATAC-seq), секвенцирање хемијски модификоване ДНК/РНК. Геномске базе података (GeneBank, European Nucleotide Archive, DNA Data Bank of Japan, Uniprot) и геномски претраживачи (Ensembl, UCSC genome browser). Пројекти секвенцирања генома људи. |
|||||||||
| Практична настава (вежбе, ДОН, студијски истражива-чки рад) | Претраживање јавних геномских база података
(GeneBank, European Nucleotide Archive, DNA Data Bank of Japan, Uniprot).
Рад у геномским претраживачима Ensembl и UCSC genome browser. Одабир одговарајуће технологије секвенцирања и одговарајућег приступа у припреми библиотека према задатом биолошком проблему. |
|||||||||
| Литература | ||||||||||
| 1 | Arthur Lesk. Introduction to Genomics. Third Edition. Oxford University Press, 2017. ISBN-13: 978-0198754831 | |||||||||
| 2 | Jonathan Pevsner. Bioinformatics and Functional Genomics. 3rd edition. John Wiley & Sons, 2015. ISBN-13: 9781118581780 | |||||||||
| 3 | ||||||||||
| 4 | ||||||||||
| 5 | ||||||||||
| Број часова активне наставе недељно током семестра/триместра/године | ||||||||||
| Предавања | Вежбе | ДОН | Студијски истраживачки рад | Остали часови | ||||||
| 2 | 0.75 | 0.25 | ||||||||
| Методе извођења наставе |
Теоријска предавања, рачунарске вежбе, домаћи задаци, дискусије, консултације | |||||||||
| Оцена знања (максимални број поена 100) | ||||||||||
| Предиспитне обавезе | поена | Завршни испит | поена | |||||||
| активност у току предавања |
писмени испит | 50 | ||||||||
| практична настава | 30 | усмени испит | ||||||||
| колоквијуми | 20 | |||||||||
| семинари | ||||||||||