| Спецификација предмета за књигу предмета | ||||||||||
| Студијски програм | Молекуларна биологија физиологија | |||||||||
| Изборно подручје (модул) | Геномика | |||||||||
| Врста и ниво студија | Мастер академске студије | |||||||||
| Назив предмета | Анализа геномских података 1 | |||||||||
| Наставник (за предавања) | Владимир Јовановић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за вежбе) | Богдан Јовановић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за ДОН) | ||||||||||
| Број ЕСПБ | 6 | Статус предмета (обавезни/изборни) | Обавезни | |||||||
| Услов | Нема посебних услова | |||||||||
| Циљ предмета |
Циљ курса је да студентима пружи основна знања
о приступу, анализи и интерпретацију различитих геномских података кроз рад у
UNIX/Linux, Python и Biopython. |
|||||||||
| Исход предмета |
Након успешно завршеног курса, студенти би
требало да стекну знања и вештине да: Дефинишу типове и формате података који су резултат секвенцирања и примарне обраде података. Приступе геномским подацима у јавним базама података. Анализирају различите геномске податке коришћењем UNIX/Linux, Python и Biopython. Адекватно интерпретирају резултате и ставе их у одговарајући биолошких контекст. Дизајнирају експерименте у циљу изучавања задатих биолошких проблема. |
|||||||||
| Садржај предмета | ||||||||||
| Теоријска настава |
Увод у UNIX/Linux Секвенце: FASTA и FASTQ формати, квалитет сирових секвенци (QC). Поређење секвенци. Асембловање и анотација генома. Варијабилност генома. Интеракција протеина и ДНК. Scripting језици. Reduced representation sequencing - (dd)RAD-Seq, de novo асемблирање генома. Увод у популациону геномику. Увод у филогеномику: теоријска основа стабала; стабло гена и врста, OTU |
|||||||||
| Практична настава (вежбе, ДОН, студијски истражива-чки рад) | Радно окружење и основне функције у
UNIX/Linux. Рад са FASTA и FASTQ форматима секвенци, анализа квалитета сирових секвенци (QC). Aлгоритми поравнања и мапирања, BLAST; SAM/BAM формат. Aсембловање (canu) и анотација генома (maker), GFF/GTF формат. Графички приказ садржаја генома и мапирања. Позивање геномских варијанти, VCF формат, vcftools/bcftools ChIP-Seq подаци. BED формат. Проналажење мотива за везивање протеина са ДНК. Основни рад у Python и Biopython. (dd)RAD-Seq подаци; de novo асемблирање генома. Популациона геномика: STRUCTURE. Метагеномика: qiime2 workflow, BLAST и OTUs. |
|||||||||
| Литература | ||||||||||
| 1 | Arthur Lesk. Introduction to Genomics. Third Edition. Oxford University Press, 2017. ISBN-13: 978-0198754831 | |||||||||
| 2 | Jonathan Pevsner. Bioinformatics and Functional Genomics. 3rd edition. John Wiley & Sons, 2015. ISBN-13: 9781118581780 | |||||||||
| 3 | Arthur Lesk. Introduction to Bioinformatics. Fifth Edition. 2019. Oxford University Press. ISBN-13: 978-0198794141 | |||||||||
| 4 | ||||||||||
| 5 | ||||||||||
| Број часова активне наставе недељно током семестра/триместра/године | ||||||||||
| Предавања | Вежбе | ДОН | Студијски истраживачки рад | Остали часови | ||||||
| 0.75 | 2 | 0.25 | ||||||||
| Методе извођења наставе |
Теоријска предавања, рачунарске вежбе, домаћи задаци, дискусије, консултације | |||||||||
| Оцена знања (максимални број поена 100) | ||||||||||
| Предиспитне обавезе | поена | Завршни испит | поена | |||||||
| активност у току предавања |
писмени испит | 30 | ||||||||
| практична настава | 70 | усмени испит | ||||||||
| колоквијуми | ||||||||||
| семинари | ||||||||||