| Спецификација предмета за књигу предмета | ||||||||||
| Студијски програм | Молекуларна биологија физиологија | |||||||||
| Изборно подручје (модул) | Геномика | |||||||||
| Врста и ниво студија | Мастер академске студије | |||||||||
| Назив предмета | Анализа геномских података 2 | |||||||||
| Наставник (за предавања) | Јован Пешовић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за вежбе) | Богдан Јовановић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за ДОН) | ||||||||||
| Број ЕСПБ | 6 | Статус предмета (обавезни/изборни) | Обавезни | |||||||
| Услов | Нема посебних услова | |||||||||
| Циљ предмета |
Циљ курса је да студентима пружи основна знања о приступу, анализи и интерпретацију различитих геномских података кроз рад у R-у и Galaxy. | |||||||||
| Исход предмета |
Након успешно завршеног курса, студенти би
требало да стекну знања и вештине да: Анализирају различите геномске податке коришћењем R-а и Galaxy. Графички прикажу резултате у R-у. Адекватно интерпретирају рeзултате и ставе их у одговарајући биолошких контекст. Дизајнирају експерименте у циљу изучавања одређених биолошких проблема. |
|||||||||
| Садржај предмета | ||||||||||
| Теоријска настава |
Основи програмирања у R-у: радно окружење,
основне функције. Упознавање са Bioconductor пакетима. Графичко приказивање резултата у R-у (base, ggpubr). Секвенцирање РНК. Приступи у изучавању епигенома. Упознавање са Galaxy платформом. Испитивање региона од интереса применом секвенцирања нове генерације. |
|||||||||
| Практична настава (вежбе, ДОН, студијски истражива-чки рад) | Основи програмирања у R-у: радно окружење,
основне функције. Рад у одабраним Bioconductor пакетима. Рад са текстом (string) у R-у. Рад у base, ggpubr за графичко приказивање резултата. FeatureCounts у R-у. Анализа података секвенцирања РНК у R-у (DESeq2, edgeR). Анализа метилације ДНК у R-у (BiSeq, methyAnalysis). Основни Galaxy алати за рад са секвенцама - провера квалитета, мапирање. Анализа метилације ДНК у региону од интереса - мапирање сирових секвенци након бисулфитног секвенцирања нове генерације коришћењем Galaxy. |
|||||||||
| Литература | ||||||||||
| 1 | Arthur Lesk. Introduction to Genomics. Third Edition. Oxford University Press, 2017. ISBN-13: 978-0198754831 | |||||||||
| 2 | Jonathan Pevsner. Bioinformatics and Functional Genomics. 3rd edition. John Wiley & Sons, 2015. ISBN-13: 9781118581780 | |||||||||
| 3 | Arthur Lesk. Introduction to Bioinformatics. Fifth Edition. 2019. Oxford University Press. ISBN-13: 978-0198794141 | |||||||||
| 4 | Paul Teetor. R Cookbook. 1st Edition. O'Reаilly Cookbooks, 2011. ISBN-13: 978-0596809157 | |||||||||
| 5 | ||||||||||
| Број часова активне наставе недељно током семестра/триместра/године | ||||||||||
| Предавања | Вежбе | ДОН | Студијски истраживачки рад | Остали часови | ||||||
| 0.75 | 2 | 0.25 | ||||||||
| Методе извођења наставе |
Теоријска предавања, рачунарске вежбе, домаћи задаци, дискусије, консултације | |||||||||
| Оцена знања (максимални број поена 100) | ||||||||||
| Предиспитне обавезе | поена | Завршни испит | поена | |||||||
| активност у току предавања |
писмени испит | 30 | ||||||||
| практична настава | 70 | усмени испит | ||||||||
| колоквијуми | ||||||||||
| семинари | ||||||||||