| Спецификација предмета за књигу предмета | ||||||||||
| Студијски програм | Биологија | |||||||||
| Изборно подручје (модул) | Биологија, Екологија, Молекуларна биологија и физиологија | |||||||||
| Врста и ниво студија | Основне академске студије, I ниво | |||||||||
| Назив предмета | Основе биоинформатике | |||||||||
| Наставник (за предавања) | Марко Ј. Ђорђевић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за вежбе) | Марко Ј. Ђорђевић | |||||||||
| Наставник/сарадник (за ДОН) | ||||||||||
| Број ЕСПБ | 4 | Статус предмета (обавезни/изборни) | изборни | |||||||
| Услов | ||||||||||
| Циљ предмета |
Оспособљавање студената за коришћење стандардних биоинформатичких алата, а који чине неопходно знање у модерном биолошком курикулуму. | |||||||||
| Исход предмета |
Студенти ће бити оспособљени да користе базе података, као и стандардне, већ развијене, биоинформатичке алате. Студенти ће стећи и основни преглед метода као и ограничења иза ових алата, без улажења у алгоритамске детаље. | |||||||||
| Садржај предмета | ||||||||||
| Теоријска настава |
Основна терминологија: ДНК, РНК, протеини; Претрага литературе: PubMed, KoBSON; ДНК базе података: Структура генома еукариота и прокариота, GenBank, Entrez Gene, ENSEMBL; Протеинске базе података: Swiss-Prot, специјализоване базе; Анализа појединачних ДНК секвенци: Рестрикциона мапа, Дизајнирање PCR прајмера, GC састав, предикције гена; Анализа протеинских секвенци: биохемијске особине, трансмембрански домени, посттранслационе модификације, протеински домени; BLAST: примене, E вредност; Упоредна анализа више DNK секвенци: методи, локална анализа, LOGO; 3D структура протеина: предикције секундарне структуре, PDB база, 3D предикције; Анализа RNK: Предикција секундарне структуре, потрага РНК гена. | |||||||||
| Практична настава (вежбе, ДОН, студијски истражива-чки рад) | Вежбе на рачунарима које прате сваку од секција у теоријској настави наведеној изнад. Одговарајући примери су прво урађени на предавањима, а студенти сличне задатке раде на вежбама на рачунарима. | |||||||||
| Литература | ||||||||||
| 1 | Zvelebil, М. & Baum Ј. О. (2007). Understanding Bioinformatics, 1st Edition. Garland Science. ISBN: 9780815340249 | |||||||||
| 2 | Claverie Ј.-М. & Notredame, С. (2006). Bioinformatics For Dummies, 2nd Edition. Wiley. ISBN: 978-0-470-08985-9. | |||||||||
| Број часова активне наставе недељно током семестра/триместра/године | ||||||||||
| Предавања | Вежбе | ДОН | Студијски истраживачки рад | Остали часови | ||||||
| 2 | 1 | |||||||||
| Методе извођења наставе |
Предавања са приказом употребе биоинформатичких алата, и практична настава кроз вежбе на рачунарима. | |||||||||
| Оцена знања (максимални број поена 100) | ||||||||||
| Предиспитне обавезе | поена | Завршни испит | поена | |||||||
| активност у току предавања |
10 | писмени испит | ||||||||
| практична настава | усмени испит | 40 | ||||||||
| колоквијуми | 50 | |||||||||
| семинари | ||||||||||